目前认为乙肝的发病与机体的免疫状态密切相关。
感染乙肝病毒必然会引起机体的免疫反应，产生不同的血清免疫标志物。目前认为乙肝的发病与机体的免疫反应，尤其是体内的细胞免疫反应密切相关。机体的年龄特征决定了机体免疫系统的成熟程度，婴幼儿的免疫系统处于一个发展过程中。此时清除病毒的能力差，容易慢性免疫。
而成人免疫系统发达，短时间内容易发生免疫清除，所以表现为急性乙肝，当机体免疫功能低下，免疫耐受不完全，HBV基因突变逃脱免疫清除时，也可导致慢性肝炎。当机体处于超敏反应时，产生大量抗原抗体复合物，激活代偿系统，在大量炎症因子的参与下，可导致大面积肝细胞坏死，即重型肝炎。
所谓“小三阳性”是指慢性乙肝或乙肝病毒携带者的乙肝病毒免疫学指标:即乙肝表面抗原、乙肝E抗体和乙肝核心抗体阳性，其中与“大三阳”的区别在于大三阳是E抗原和E抗体，而“小三阳”是E抗原和E抗体。
“小三阳”分为两种情况，一种是病毒阴性小三阳性，一种是病毒阳性小三阳。有些人往往认为大三阳严重但小三阳没事，这其实是一种误解。病毒阳性小三阳性的危害越来越受到肝病医学专业人士的重视。
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