肛门尖锐湿疣是由于感染人乳头瘤病毒导致的疾病，治疗方法包括药物治疗、物理治疗和手术治疗。常用的药物有鬼臼毒素酊、咪喹莫特软膏等，但外用药物只能消除肉眼可见的尖锐湿疣，对于亚临床或潜伏感染无明显效果。而采用激光、冷冻、电灼、微波等方式进行物理治疗或者手术切除病变组织，可以清除病灶。
一、药物治疗
1.局部免疫疗法：如使用重组人干扰素α2b注射液皮下注射，增强细胞的免疫力，抑制病毒复制，以达到减少复发的目的；也可使用胸腺肽肠溶片提高机体细胞免疫功能，从而预防肛门尖锐湿疣复发。
二、物理治疗
1.激光治疗：是指利用高能量密度的二氧化碳激光气化尖锐湿疣，使尖锐湿疣脱落,适用于单发、散在细小尖锐湿疣。
2.冷冻治疗：又称为快速制冷法，通过低温液体产生超冷气体来冷冻尖锐湿疣，使其坏死并结痂脱落。
3.电灼治疗：用电灼烧毁尖锐湿疣，对单发或少量多发尖锐湿疣患者来说比较适用。
4.微波治疗：将一根直径约0.5厘米的电极插入尖锐湿疣体内，通过高频交流电热热灼的形式直接将其毁掉。
三、手术治疗
对于巨大尖锐湿疣，可考虑手术切除。
四、其他方法
中医认为尖锐湿疣的发生主要是由于人体气血亏虚，加之受到湿热毒邪侵袭所导致，因此可以通过服用中药来进行调理身体，如选择银花、连翘、板蓝根、大青叶、生地榆、紫草、白鲜皮等具有清热解毒功效的中草药煎水口服，并且需要坚持用药一段时间，才可能起到一定的作用。
