对于单发的肛周尖锐湿疣，可以采用药物、物理方法进行治疗。如果为多个或散在多发的肛周尖锐湿疣，则需要遵医嘱选用综合治疗方法。常用的治疗方法包括外用药物、激光治疗、电灼治疗、冷冻治疗等。
一、单一疗法
1.外用药物：临床上常用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等局部涂抹于患处，也可使用三氯醋酸溶液外涂或硼酸溶液坐浴，起到腐蚀性的作用而去除疣体。但需注意在医生指导下用药，并且在用药期间应避免性生活，以免发生交叉感染。
2.激光治疗：是利用高能量密度烧灼尖锐湿疣，使其坏死、变性而脱落，可清除可见的皮损病灶，一般不留瘢痕。但是部分患者可能会出现出血、疼痛、色素沉着、继发感染等不良反应。
3.电灼治疗：是用电灼小刀将病变部位灼伤，以破坏尖锐湿疣组织并消除，达到的目的。其优点是比较，但创面较大，恢复时间较长。
4.冷冻治疗：是利用低温液体氮使尖锐湿疣组织冻结而自行分解，从而破坏病毒细胞结构及功能，使尖锐湿疣组织完全消退而不留痕迹。该法操作简单、疗效好，但容易产生冰晶样效应，在治疗过程中可能有轻微的刺痛感。
二、综合治疗方法
若患者的病情较严重，如存在较多散在多发病灶或多发蒂状疣体，则单纯应用一种治疗方法效果不佳，此时建议联合多种治疗方法来处理，比如手术切除结合免疫疗法等。另外，由于肛门和直肠附近有大量的特殊细菌，所以患者还需要遵医嘱同时服用抗菌药物控制炎症，防止复发。
此外，日常生活中还要保持良好的生活习惯，勤换洗内裤，尽量选择宽松透气的棉质衣物，饮食上多吃新鲜蔬菜水果，补充维生素C以及蛋白质，增强机体抵抗力。
