慢性肝炎的治疗包括多个方面，如保肝、抗纤维化、抗病毒去病因、预防肝癌等。其中针对不同病因，去除病因是治疗慢性肝炎重要的原则。慢性乙肝病毒携带者需要定期体检和复查，通常不需要治疗。
①保肝治疗:药物种类较多，包括甘草酸制剂、水飞蓟素制剂、五味子制剂等，适用于所有慢性肝炎。
②抗纤维化治疗:多为中成药口服制剂，也适用于所有慢性肝炎。
③注射干扰素抗病毒治疗:包括普通干扰素和聚乙二醇化干扰素，适用于慢性乙肝和慢性丙肝，疗程至少一年。
干扰素-利巴韦林是慢性丙型肝炎的标准治疗方案，其取决于HCV基因型和对治疗的反应。治疗4周内，丙肝病毒低于检测线者称为有反应。这一组用干扰素治果好，治好率87%。
④口服核苷类似物抗病毒治疗:该类药物仅适用于乙型肝炎的治疗，包括慢性乙型肝炎和乙型肝炎肝硬化。大陆有四种药物:拉米夫定、阿德福韦酯、替比夫定、恩替卡韦;
第五种药物:富马酸替诺福韦酯，用于治疗对上述四种药物耐药的。核苷类似物具有抗病毒效果好、服用方便的优点。缺点是需要长期服用，有耐药性风险。作为治疗慢性乙肝的药，必须在医生指导下应用，并且需要定期复查乙肝病毒定量。如果随意停药，会促进乙肝病毒耐药性的发生，加重病情，甚至导致死亡。
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