肛门上长了肉芽，如果是外生型的良性病变，比如痔疮、尖锐湿疣等，一般通过视诊即可明确诊断。但如果为内生型，则需要进行直肠指检以及活体组织检查来确诊。
一、外生型
1.痔疮：如果患者既往有长期便秘或者腹泻病史，并且反复发作，可能会导致痔疮的发生。当痔核脱出时可形成血栓性的外痔，在肛门外可见明显的肉芽样赘生物，此时可通过视诊明确诊断。治疗方面可以遵医嘱使用马应龙麝香痔疮膏局部涂抹，配合温水坐浴的方法来进行调理，必要时也可以在麻醉的状态下将肉芽切除。
2.尖锐湿疣：尖锐湿疣主要是由于人乳头瘤病毒感染所引起的一种性传播疾病，具有传染性，会通过性生活以及间接接触物品进行传播。感染后会导致男女性生殖器部位出现菜花状的赘生物，也可表现为肉芽肿块。此时可以通过醋酸白试验、HPV检测等方法来做辅助判断，确诊后可以在医生指导下使用咪喹莫特乳膏或口服阿昔洛韦片和利巴韦林颗粒等药物来做治疗，必要时也可以采取激光或者是液氮冷冻的方式做处理。
二、内生型
内生型的肉芽可能是肠道息肉生长到一定大小，突破黏膜进入肛管形成的肉芽，临床上称为直肠息肉肉芽。这种情况通常是在排便的时候发生出血症状，但无明显疼痛感，触摸时也没有异物感。可在医生操作下采用电灼法、高频电凝法、微波疗法等方式进行治疗。
此外，也不排除与恶性肿瘤相关，如肛管癌，其病因尚不完全清楚，可能与遗传因素有关，也有可能是慢性溃疡性疾病发展而来。发病之后会在肛管处触及质地较为柔软的肉芽肿物质，常伴有脓液流出并散发出难闻的气味。一经确诊，需及时予以手术切除治疗，后续还需要结合化疗、放疗等方式辅助治疗。
