临床上治疗尖锐湿疣的药物较多，常用的有外用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等。另外还有口服药物，如西多菲尼定片、胸腺肽肠溶片以及抗病毒类药物等。
一、外用涂抹药物
1.咪喹莫特乳膏：可以用于治疗各种原因引起的皮肤肿瘤以及尖锐湿疣，使用时将药膏直接涂于病变部位，一日2次，但需注意避免与眼睛接触。
2.鬼臼毒素软膏：具有细胞分离的作用，可使尖锐湿疣组织坏死而脱落，适用于非角化性表皮细胞增生性疾病，如扁平疣、寻常疣及尖锐湿疣，一般连续用药不超过4周。
二、口服药物
1.西多菲尼定片：是一种受体拮抗剂，可通过抑制释放去甲肾上腺素和肾上腺素而起到收缩血管作用，从而减轻局部水肿，并且对炎症有一定的辅助治疗效果，可用于改善尖锐湿疣导致的疼痛症状。
2.胸腺肽肠溶片：主要成分是冻干粉制成的生物制剂，属于免疫调节剂的一种，能够增强人体的细胞免疫功能，对于病毒感染引起的一系列疾病有一定疗效，比如带状疱疹、单纯疱疹、尖锐湿疣等。
3.抗病毒类药物：如果患者感染人乳头瘤病毒后出现发热、乏力等症状，还可以遵医嘱服用阿昔洛韦、伐昔洛韦或更昔洛韦等药物进行抗病毒治疗。
三、其他方法
若尖锐湿疣损害面积较大，单靠药物可能无法去除干净，此时需要配合激光、冷冻等方式处理，必要时也可以通过手术切除的方式进行治疗。
尖锐湿疣容易复发，因此在治疗期间要注意个人卫生，勤换洗内裤，还要加强体育锻炼以提高自身抵抗力。此外，在病情未完全恢复之前应避免发生性行为，以免造成交叉感染的情况。
