大部分情况下，如果患者存在卵巢囊肿，在进行B超检查时可以发现。但部分较小的生理性囊肿或巧克力囊肿，则可能在B超下不能被发现。
一、能够发现的情况
1.畸胎瘤：B超检查提示为无回声区，并且局部有毛发、牙齿等组织凸出于囊腔之外，此类情况通常考虑是由于遗传因素导致的畸胎瘤，属于常见的卵巢肿瘤。
2.输卵管系膜囊肿：发生几率较高，尤其好发于左侧，其内常可见充满液体的囊性组织，体积一般都比较小。
3.巧克力囊肿：通过B超检查可发现一个低回声区，而且囊壁较厚呈锯齿状，囊内容物密度不均匀，呈现为强回声后伴后方伴有彗星尾征象，还可表现为密集光点与散在分布的小片状低回声，以及细短条状高回声，合并管型扩张时还可在囊肿内部看到双侧弯曲扩张的细管道。
4.其他类型囊肿：如浆液性囊腺瘤和黏液性囊腺瘤，均可在B超检查中发现，其中黏液性囊腺瘤大多呈圆形或者椭圆形，由单层立方上皮组成，囊腔内含有黄色或棕色液体，有时可见到丰富的乳头突起。
二、不能发现的情况
若女性患有生理性囊肿，比如黄体囊肿，此时囊肿直径＜1cm，也可不会被发现，因为此种囊肿会随着月经周期而变化，月经干净之后囊肿就会消失不见。另外，巧克力囊肿是一种外生性生长的良性病变，囊肿体积比较小时也不能被发现，只有当囊肿体积较大时才可通过B超检查发现。
对于上述情况，建议进一步完善妇科肿瘤标志物检测、核磁共振等相关辅助检查，必要时可行腹腔镜或开腹手术将病灶切除，从而明确诊断并给予针对性治疗。
