甲氨蝶呤在临床上常用于宫外孕的保守治疗，在使用时需要根据患者的病情以及对药物的敏感性进行评估。大部分患者用药1-2周后会逐渐起效，但是由于每个患者的情况不同，所以具体时间也存在一定差异。
如果女性怀孕早期发现是宫内妊娠，并且没有出现腹痛、阴道流血等先兆流产症状，则可以不用特殊处理，定期复查即可。但如果已经确诊为宫外孕，并且随着受精卵不断分裂增殖，可能会导致局部组织破裂出血，从而引起剧烈疼痛、大量出血等症状。此时则可以在医生指导下服用甲氨蝶呤进行治疗，能够起到杀死胚胎的作用，以达到止血的目的。若孕妇遵医嘱规范应用该药，通常会在一周左右的时间观察到效果，因为甲氨蝶呤发挥作用需要一定过程，一般情况下是在血液中达到一定的浓度才会发挥疗效。但部分体质较差或对该药不耐受者可能需要两周甚至更长的时间才能见效。此外，建议孕妇在服药期间还要注意观察自身变化，如果停药后7天以上仍存在阴道出血的症状，则考虑出现了持续性的宫外孕，需及时就医明确诊断并采取措施进行处理。
另外，对于患有高血压、心脏病或者肝肾功能异常者要禁止使用此药，以免加重原发疾病或影响原有疾病的恢复。同时孕妇也要避免私自延长用药时间，必要时还需配合医生通过手术方式进行治疗。
