卵巢囊肿切除手术的时间与具体病情有关，如生理性囊肿、巧克力囊肿等，通常1-2小时即可完成。若是良性肿瘤且体积较大，则可能需3个小时。若为恶性肿瘤则时间会相应延长至4-6小时。
一、1-2小时
1.生理性囊肿：如果女性在月经后半期出现阴道出血，并进行超声检查时发现有卵巢囊肿，此时考虑是黄体血肿引起的生理性囊肿，待其自然吸收消失即可，一般不需要特殊处理，也不用进行手术治疗，所以此类手术时间较短，部分患者甚至无需开腹，在腹腔镜下将囊壁破坏，使其内含物被吸收即可。
2.巧克力囊肿：对于存在巧克力囊肿的女性而言，由于囊肿较小，且属于良性病变，通过腹腔镜下的囊肿剥离术可将其完整取出，此时手术时间相对较短，约1-2小时。
二、3个小时左右
如果患者的卵巢囊肿直径＞5cm，而且生长位置不好，无法行单纯的囊肿剔除术，而要进行全子宫加双侧附件切除或只做一侧卵巢的切除，此时手术时间就会相对增加到3个小时。
三、4-6小时
如果是卵巢恶性肿瘤，此时手术范围较大，包括全子宫及双侧输卵管卵巢切除、大网膜切除以及淋巴结清扫等，同时还要对癌细胞进行冰冻切片检查，以明确是否发生转移，因此这类手术所需时间相对较长，可能达到4-6小时。
建议卵巢囊肿患者及时前往医院就诊，完善相关检查并积极配合医生治疗，以免延误病情。另外，术后要注意休息和保持局部清洁卫生，以防感染的情况发生。
