大部分情况下，病理性卵巢囊肿不是恶性。但部分特殊类型的良性病变可发展为恶性的可能，如巧克力囊肿、畸胎瘤等，需定期复查，而其他类型通常无需担心。如果存在恶性肿瘤，则属于恶性。
一、良性
1.功能性卵巢囊肿：由于体内激素水平变化导致的生理性改变，在激素下降后囊肿会逐渐消失，一般不会发生癌变，因此不用过于紧张。
2.子宫内膜异位症性囊肿：即子宫内膜在卵巢内生长，随着周期的变化也会膨胀和萎缩，当其中的小血管破裂时会出现出血的现象，此时形成的囊肿也不是恶性，但是可能会出现恶变的情况，需要引起重视。
3.浆液性囊腺瘤及卵巢单纯性囊肿：此类情况较为少见，由卵巢间质增生、胶原纤维增生或黏液退行性变造成的良性病变，也不会变成恶性。
4.成熟卵泡囊肿：成熟的卵泡没有破裂排卵，卵泡内的液体潴留而形成囊肿，多数情况下会在月经来潮之后自行消失，也有极少数人会发生复发性，不过也不用担心，因为这种情况很少有恶变的风险。
二、恶性
1.巧克力囊肿：又称为子宫内膜异位囊肿，主要是由于子宫内膜组织异位到卵巢上所造成，并且呈双层内膜，随时间增长而出血，进而形成囊肿，虽然这种囊肿是良性的，但也有可能转变为恶性，所以要密切观察。
2.畸胎瘤：是由胚胎时期的原始细胞异常分化而来的一种常见肿瘤，常发生于生殖器部位，而且在影像学检查下发现其界限清楚、无包膜，有时还会表现为囊实混合性，因其具有一定的侵袭性和恶性潜能，故建议尽早进行手术治疗。
除上述情况外，还可能是卵巢癌等原因导致，一旦确诊应积极遵医嘱采取有效的措施处理，比如手术治疗或者化学药物治疗等，以免延误病情。
