临床上治疗尖锐湿疣的药物有很多，有外用药物、口服药物等。对于尖锐湿疣患者来说，选择哪种药物进行治疗，要根据患者的病情程度来决定，常用的外用药膏包括鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏以及三氯醋酸溶液等。
一、外用涂抹药物
1.鬼臼毒素酊：由鬼臼树脂配制而成的一种白色软膏，具有细胞分裂素样作用，可使生发层细胞发生坏死、脱落而达到疾病的目的。一般用于寻常疣和跖疣的治疗，在使用时需要避开眼睛和其他黏膜，如口腔、鼻腔等处，并且孕妇及皮肤破损者禁用此药。
2.咪喹莫特乳膏：是一种免疫调节剂，含有5%的咪喹莫特成分，其主要的作用机制是诱导细胞分化与凋亡，从而抑制人乳头瘤病毒的复制，终导致肿瘤组织细胞死亡。该药适用于外生殖器部位的尖锐湿疣治疗，但孕妇及哺乳期妇女慎用此药。
3.三氯醋酸溶液：是由三氯醋酸配置成一定浓度的液体，属于一种腐蚀性较强的消毒防腐药物，可通过破坏尖锐湿疣局部细胞结构，使其失去活性而达到治疗目的。但在应用过程中要注意保护正常皮肤，避免接触眼睛及其他黏膜，同时孕妇及皮肤敏感者需谨慎使用。
4.其他外用药物：还有斑蝥素与酒精混合作为局部涂擦或湿敷的方式，也可以起到一定的效果，但是通常会伴有明显的刺痛感，部分人群可能不能耐受。另外，氟尿嘧啶软膏也可局部应用于尖锐湿疣皮损内，也有助于清除病灶。
二、口服药物
如果单纯采用外用药物疗效不佳或者面积较大，可以加用口服药物共同治疗，常用药物包括西多福韦、干扰素凝胶等抗病毒类药物，必要时还可遵医嘱服用提高免疫力类药物辅助治疗，比如胸腺肽肠溶片、转移因子胶囊等。
此外，激光、电灼、冷冻等方式也可作为尖锐湿疣的治疗方法，其中冷冻疗法是利用液氮产生的低温使尖锐湿疣组织冻结而自行分解，从而使尖锐湿疣得到治疗，冷冻治疗后局部可能会出现红肿、疼痛等症状，大多能自行消退，若无法消退则需及时就医处理。
