临床上治疗尖锐湿疣的外用药物较多，如鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏等。但单纯使用外用药效果较差，通常需要联合其他治疗方法进行综合治疗。
一、外用腐蚀剂
1.5-Fu软膏：为碘伏和氟尿嘧啶的混合物，可直接涂抹于皮损处，然后敷贴塑料薄膜封包，以使药物被吸收而破坏局部细胞DNA，从而抑制尖锐湿疣生长。每周换药一次，一般3-4次可见效，部分患者可出现红斑、水疱及色素沉着等不良反应。
2.Medikolil：由博来霉素与石炭酸组成，具有抗代谢作用，可通过干扰DNA合成而阻断肿瘤细胞增殖。将该药直接涂于疣体表面，每日或隔日1次，连续数周，适用于数目少且面积较小者。
二、免疫疗法
常用方法有注射白介素-2以及卡介苗接种等，对个别顽固性病灶有一定疗效。
三、冷冻疗法
利用液氮（-196℃）接触患处，通过低温方式将尖锐湿疣组织快速冷冻，导致病变组织表层坏死、脱落，以达到治疗目的。
四、激光治疗
包括二氧化碳激光及高频电刀，是目前较为常用的物理疗法之一。其原理是利用激光产生的高热烧灼尖锐湿疣，使之烧毁变性，破坏病灶以去除尖锐湿疣。
五、手术治疗
对于巨大尖锐湿疣，可以考虑手术切除。术中必须仔细分离病变周围正常上皮，以预防复发。
六、放射疗法
仅作为晚期或不宜用手术切除患者的辅助疗法，常用于妊娠合并尖锐湿疣者。
