治疗男性尖锐湿疣的药物较多，包括外用药物和口服药物。一般外用药物有咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等，口服药物主要有西多福韦酯胶囊、胸腺肽肠溶片以及抗病毒类药物等。
一、外用药物
1.咪喹莫特乳膏：主要成分为咪喹莫特，对人乳头瘤病毒感染细胞具有较强的亲和性，并可诱导细胞凋亡而发挥细胞毒性作用，从而抑制人乳头瘤病毒的复制。该药适用于外用治疗成人浅表型寻常疣、男性尖锐湿疣以及与其他治疗方法联合用于治疗斑块状跖疣。
2.鬼臼毒素酊：其有效成分鬼臼毒素能够干扰虫体微管蛋白合成，阻碍微管聚合并破坏微管结构，使肌纤维失去正常排列，导致鞭毛丧失运动能力，终肌细胞死亡。因此该药可用于局部涂抹治疗男性尖锐湿疣，但孕妇及哺乳期妇女禁用此药。
二、口服药物
1.西多福韦酯胶囊：为广谱抗DNA病毒药物，可通过与病毒DNA多聚酶竞争结合模板，抑制病毒DNA多聚酶的活性，阻断病毒DNA的合成，达到抑制人乳头瘤病毒繁殖的目的，进而起到治疗男性尖锐湿疣的作用。
2.胸腺肽肠溶片：属于免疫调节剂的一种，通过增强天然杀伤细胞、淋巴细胞、巨噬细胞功能，提高机体非特异性免疫力和细胞免疫功能，从而起到辅助治疗男性尖锐湿疣的效果。
3.抗病毒类药物：如阿昔洛韦、伐昔洛韦或泛昔洛韦等，此类药物能选择性地抑制单纯疱疹病毒多聚酶，阻止其从核酸内合成DNA，从而使病毒基因的表达受抑，而达到治疗男性尖锐湿疣的目的。
4.其他：患者还可遵医嘱使用转移因子胶囊、香菇菌多糖胶囊等，以增强细胞的活力，促进上皮组织修复，对于男性尖锐湿疣也有一定的疗效。
三、其他方法
若男性患有尖锐湿疣，还可以采用冷冻疗法、激光治疗等方式进行处理。其中冷冻疗法是利用制冷物质快速产生低温，使其生物学特性发生不可逆变化，从而促使病变组织坏死、脱落，常应用于尖锐湿疣的物理治疗。而激光治疗则是利用高能量激光气化尖锐湿疣，使其汽化、坏死、炭化，从而消除尖锐湿疣。
建议存在不洁性生活的男性及时到医院就诊检查，确诊后在医生指导下采取上述措施治疗。日常生活中要注意个人卫生，勤换洗贴身衣物，避免感染。
