临床上治疗尖锐湿疣的药物很多，有外用药物、口服药物等。但单纯使用一种药物效果可能并不理想，通常需要联合用药或多种方法综合治疗才能取得较好的疗效。
一、外用药物
1.鬼臼毒素软膏：主要成分是鬼臼毒素，具有细胞分离和组织坏死作用，可使疣体变小直至消失。
2.咪喹莫特乳膏：是一种重组人5-氟尿嘧啶制剂，可通过诱导细胞凋亡而起到治疗尖锐湿疣的作用，一般建议在睡前涂抹于患处，次日晨洗去，然后用保鲜膜封包过夜，以增强疗效。
3.三氯醋酸溶液：属于消毒防腐剂，可用于黏膜及皮肤创面，对尖锐湿疣也有效果，使用时需由医生用棉签蘸取适量液体涂于疣体上，之后再敷以无菌纱布加压包扎即可。
4.其他外用药物：如斑蝥素贴片、二甲硅油凝胶、酞丁安搽剂等，均可用于辅助治疗尖锐湿疣，改善症状。
二、口服药物
1.抗病毒类药物：由于尖锐湿疣的发生与病毒感染有关，因此患者可在专业医师指导下服用阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等抗病毒药物进行治疗。
2.免疫调节剂：如胸腺肽肠溶片、转移因子胶囊等，有助于提高机体免疫力，促进病情恢复。
3.中药：常用的有白术散、三妙丸合二陈汤加减等，也可单用部分中草药煎煮服用，比如生薏米、红豆、红花泡水喝，有一定的祛湿排毒功效，有利于消除尖锐湿疣。
三、冷冻疗法
利用制冷剂快速产生冷风，使其局部温度降低，从而达到破坏尖锐湿疣的效果。该法操作简单，见效快，适用于任何大小的皮损，但是容易出现出血、瘢痕形成以及色素沉着等副作用。
四、激光治疗
采用二氧化碳激光气化尖锐湿疣，其烧灼深度比手术切除要浅，疼痛感较轻，术后感染风险较低，愈合时间短，复发率低，但也可能出现伤口增生性瘢痕的情况。
五、电刀治疗
将电针头直接接触尖锐湿疣进行烧灼，也可以选择高频电刀、电离子微创术等方式治疗，优点在于操作方便，止血迅速，术后不易发生感染。
六、光动力学疗法
通过静脉注射光敏剂，在病变部位积聚并被肿瘤细胞吸收后，经特定波长光照激活，释放新生态自由基，引起炎症反应或细胞死亡，从而达到去除尖锐湿疣的目的。
