临床上针对尖锐湿疣的药物有很多，但大多为辅助性用药。对于数量少、面积小者可采用局部外用药物进行治疗，如鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏等；也可选择具有抗病毒作用的中药方剂或中成药进行调理；对顽固难治者则需采取系统性口服药物治疗。
一、局部外用药物
1.腐蚀性药物：常用的是5%~20%的足叶草酯酊或三氯醋酸溶液，可通过破坏尖锐湿疣上皮组织而达到清除效果，但需要严格掌握好浓度和范围，以免灼伤皮肤。
2.免疫抑制剂类：有咪喹莫特乳膏、干扰素凝胶等，通过增强细胞免疫功能来发挥疗效，适用于单个、散在的损害及原位冷冻治疗后残留病变。
3.抗病毒药物：比如α-干扰素凝胶、酞丁安搽剂等，主要是起到抗病毒的作用，常用于病毒感染引起的尖锐湿疣。
4.其他：还可使用氟尿嘧啶软膏涂抹患处，可使疣体变小直至消失。
二、系统性口服药物
1.调节免疫类：此类药物较多，包括胸腺肽、转移因子、左旋咪唑等，可用于因免疫力低下而导致尖锐湿疣复发的人群。
2.抗病毒类：比如伐昔洛韦、阿昔洛韦、泛昔洛韦等，能够抑制病毒复制，促进病情恢复。
3.外用洗剂：患者还可以遵医嘱应用一些清热解毒的中成药，如皮肤康洗液、复方黄柏液涂剂等，以缓解症状。
尖锐湿疣容易复发，且难以，因此建议患者一定要坚持长期用药，并定期复查。另外，在日常生活中要注意个人卫生，勤换内裤，避免不洁性生活。
