治疗尖锐湿疣的药物较多，分为外用和口服两种。目前临床上比较常用的有三氯醋酸溶液、足叶草脂酊等外用药物，以及咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等局部涂抹药物，还有α-干扰素凝胶、胸腺肽肠溶片等免疫调节剂类药物。
一、外用药物
1.三氯醋酸溶液：属于消毒防腐药物，具有组织蛋白变性的作用，在医生指导下使用后可使尖锐湿疣皮损碳化，从而达到清除或消除尖锐湿疣效果。
2.足叶草脂酊：是一种驱虫药，也具有一定腐蚀作用，将该药物用于尖锐湿疣时可使其表面发生蛋白质变性凝固，从而使尖锐湿疣坏死脱落。
二、局部涂抹药物
1.咪喹莫特乳膏：主要成分为咪喹莫特，对人乳头瘤病毒没有直接杀伤作用，但可通过诱导细胞分化而起到抗病毒及提高机体免疫力的效果，因此可用于辅助治疗尖锐湿疣。
2.鬼臼毒素软膏：其为一种从毒蕈中提取的有效成分，涂抹于患处能够破坏生发层上皮细胞，使其不进行分裂繁殖，并产生自愈现象，终使尖锐湿疣失去活性并自行消退。
3.氟尿嘧啶软膏：对于一些单个或者散在的尖锐湿疣，也可采用5-Fu软膏外涂的方法进行治疗，但是疗效有限，通常需要与其他治疗方法联合应用才能取得较好疗效。
4.三氯乙醇溶液：尖锐湿疣患者还可遵医嘱使用浓度较低的三氯乙醇溶液涂抹患处，通过三氯乙醇与疣体受体分子间的相互结合，阻断人乳头瘤病毒的复制过程，进而发挥灭活病毒的效果。
三、免疫调节剂类药物
如α-干扰素凝胶，主要是增强细胞的免疫功能，促进淋巴细胞数量增加，改善血液循环，以达到增强抵抗力和促进尖锐湿疣自然消退或好转的目的。
尖锐湿疣一般以外用药物治疗为主，必要时需采取手术方法将其切除。另外，尖锐湿疣容易复发，故建议在治疗期间避免进行性生活，以免出现交叉感染的情况。
