临床上治疗尖锐湿疣的外用药物有鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏等。另外还有口服药物比如西多菲尼布片、胸腺肽肠溶片以及抗病毒类药物如阿昔洛韦、干扰素凝胶等。此外，激光、电灼、手术也是临床常用的治疗方法。
一、外用药物
1.鬼臼毒素酊：其主要成分是鬼臼毒素，具有细胞分裂抑制作用和组织坏死作用，可使疣体顶端出现坏死、碳化，从而脱落。使用时应注意保护周围皮肤黏膜，因为该药有刺激性且毒性较强，涂抹后应进行充分按摩，以促进吸收并减少不良反应的发生。
2.咪喹莫特乳膏：由人乳头瘤病毒死亡后的蛋白与咪喹莫特复合而成，属于免疫调节剂，在局部涂抹后可以诱导机体产生免疫应答而起到清除HPV的作用。
二、口服药物
1.西多菲尼布片：是一种新型抗纤维化的药物，通过抑制核因子κB受体活化因子-2的表达来发挥抗纤维化的作用，同时还可以抑制上皮细胞增殖及迁移，达到阻止尖锐湿疣复发的目的。
2.胸腺肽肠溶片：为一种免疫增强剂，能够激活巨噬细胞，增强自然杀伤细胞活性，提高患者的免疫力，从而在一定程度上帮助消除HPV感染灶。
3.抗病毒类药物：如阿昔洛韦、伐昔洛韦等，此类药物能迅速控制病毒感染，并有一定的消炎、止痒效果，因此对于尖锐湿疣引起的炎症反应也有一定的疗效。
三、其他方法
临床上常用冷冻、激光、电灼等方式去除疣体，其中冷冻治疗是利用低温液氮将尖锐湿疣损害的组织结冰，从而使尖锐湿疣损害部位逐渐坏死而自行脱落，但冷冻治疗常因温度达不到而无法完全杀死病毒，导致尖锐湿疣反复发作。
