临床上常使用腐蚀性药物、免疫调节剂等药物进行针对性治疗，如三氯醋酸溶液、足叶草脂酊等。此外，也可使用干扰素凝胶、鬼臼毒素软膏等外用药物，以达到去除尖锐湿疣的效果。
一、腐蚀性药物
1.三氯醋酸溶液：主要成分为三氯醋酸，属于一种弱酸类的有机化合物，具有强烈的刺激性和腐蚀作用。将患处浸泡于该药物中，可使蛋白质变性凝固而起到破坏尖锐湿疣的作用，但需注意在医生指导下应用。
2.足叶草脂酊：为强烈接触腐蚀剂，其成分是二氯乙烷和邻苯二甲酸酐，在遇潮湿后可分解生成足叶散和等量二氧化碳气体，气体积聚于局部组织内可产生腐蚀作用，从而起到清除尖锐湿疣的效果，但需要严格掌握好适应证，并做好防护措施。
3.其他腐蚀性药物：患者还可遵医嘱采用氟尿嘧啶乳膏或咪喹莫特乳膏等药物，也能够帮助消除尖锐湿疣。
二、免疫调节剂
常用有左旋咪唑以及转移因子等，通过增强细胞的免疫功能，发挥抗病毒及抑制尖锐湿疣生长的功效。
三、外用药物
1.干扰素凝胶：由重组人α-2b干扰素配制成的凝胶制剂，涂抹在尖锐湿疣表面能促进上皮增生，改善症状，且无毒性与副作用，不良反应较小。
2.鬼臼毒素软膏：是一种神经毒，具有一定的细胞毒性，可通过阻断细胞膜钠离子通道，引起细胞膜电位改变而导致细胞死亡，可用于治疗难治及顽固的尖锐湿疣。
3.其他外用药：临床常用的还有三氯醋酸溶液、酞丁安搽剂等，均有不同程度的疗效。
除上述常见药物外，对于尖锐湿疣还可采取抗病毒治疗，比如遵医嘱口服阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦颗粒等药物，能够抑制单纯疱疹病毒的复制，缩短病程。若效果不佳，则考虑通过手术切除的方式进行处理。日常生活中还应注意个人卫生，勤换洗贴身衣物，以免加重病情。
