小儿肛瘘可以通过中药外敷、肛瘘切开术、挂线疗法、肛门括约肌功能锻炼等方法进行治疗。如果症状持续或加剧，建议患者及时就医。
1.中药外敷
可选用清热解毒、利湿消肿类中药如黄连、黄柏等研磨成细粉后加适量醋调制成糊状外敷于患处。此方法通过促进局部血液循环及加速伤口愈合来缓解肛门疼痛及相关不适感;且该法属于传统中医外治法之一，在临床上应用广泛。
2.肛瘘切开术
肛瘘切开术通常在麻醉下由医生使用手术刀沿瘘管壁切开并将瘘管全部敞开，以便引流。此措施直接解决了肛瘘存在的病灶，避免了炎症反复发作导致的持续性疼痛以及可能发生的并发症。
3.挂线疗法
挂线疗法是将具有腐蚀作用的药线嵌入瘘管内，利用其对组织的缓慢腐蚀作用，使瘘管逐渐切开，直至完全通畅为止的一种方法。该方法适用于复杂性肛瘘，因为瘘管走向复杂，一次切开容易造成肛门括约肌损伤，导致大便失禁。挂线疗法可以逐步切开瘘管，减少对肛门括约肌的损伤。
4.肛门括约肌功能锻炼
肛门括约肌功能锻炼包括提肛运动和盆底肌肉训练，每日多次进行，每次持续数分钟至数十分钟不等。这些锻炼有助于增强肛门括约肌的力量和协调性，改善血液循环，预防便秘和复发性肛裂。
患者应保持肛周清洁干燥，避免使用刺激性强的洗液清洗，以免加重皮肤损伤。合理饮食也很重要，应增加膳食纤维摄入量，如燕麦、芹菜等，以软化大便并减轻排便时的摩擦和压力。
