低位肛瘘可以通过肛瘘切除术、肛瘘挂线术进行治疗，同时可以配合肛门括约肌功能锻炼、中药坐浴等方法缓解不适症状。
1.肛瘘切除术
肛瘘切除术通常采用局部麻醉，在医生指导下找到并清除所有瘘管及感染源后直接缝合切口。此手术旨在移除病变组织以肛瘘，减少复发风险。
2.肛瘘挂线术
肛瘘挂线术是将橡皮筋或者药线环绕于肛瘘外壁根部，利用其刺激性缓慢切割、紧缩作用逐步切开窦道的一种方法。该措施通过缓慢而温和地切断病变部位来防止对周围健康组织造成过大损伤，从而达到治疗目的。
3.肛门括约肌功能锻炼
肛门括约肌功能锻炼包括提肛运动和盆底肌肉训练，每日多次进行，每次持续数分钟至数十分钟不等。这些练习有助于增强肛门括约肌力量和协调性，改善血液循环，促进愈合过程。
4.中药坐浴
患者可在医生指导下使用高锰酸钾溶液、复方荆芥熏洗剂等药物进行温水坐浴，每日2次，每次20分钟左右。中药坐浴能够清洁伤口，缓解炎症，减轻疼痛，促进伤口愈合。
术后应遵循医嘱定期复查，监测恢复情况，避免剧烈运动以防影响伤口愈合。日常生活中注意保持肛周卫生，避免辛辣刺激食物，多摄取富含膳食纤维的食物如蔬菜水果，以软化大便，减少对肛瘘区域的摩擦和刺激。
